Charakterisierung und Sequenzierung von Proteinen
Antikörper und Protein Sequenzierung
Die genaue Aufklärung der primären Struktur von Peptiden, Proteinen und Antikörpern durch Sequenzierung sowie die Charakterisierung von posttranslationalen Modifkationen wird immer wichtiger in den Lebenswissenschaften, um einerseits ein Protein umfassend aufzuklären und andererseits in Herstellungsprozessen oder in Produkten die enthaltenenen Proteine und Peptide in ihrer Sequenz und ihren Modifikationen zu charakterisieren und zu überprüfen.
Proteome Factory AG hat mit der PFA Protein Sequencing & Characterization Technology Plattform ein mächtiges Instrumentarium geschaffen, um Proteine und Antikörper komplett zu sequenzieren. So werden z.B. die variablen Regionen und CDRs von Antikörpern sequenziert, indem eine Kombinantion aus Kapillarchromatographie, massenspektrometrischen Techniken, interner und N-terminaler Sequenzierung eingesetzt wird.
Glykoproteine werden sowohl im Hinblick auf ihre Aminosäuresequenz als auch die Struktur des Glykorestes untersucht. Zum Einsatz kommen chromatographische und massenspektrometrische Verfahren sowie zahlreiche (spezifische) Spaltungsenzyme.
Spezielle bioinformatische Software wie PWB Protein Workbench, PFA Permutation Tool, Proteindatenbanksuchmaschinen werden für die zielgerichtete effektive Datenauswertung unter Berücksichtigung von posttranslationalen modifikationen und Aminosäureaustauschen eingesetzt und ggf. durch die de novo Peptidsequenzierungssoftware Sequit! unterstützt, die auf einem Hochleistungscomputer-Cluster der Proteome Factory zum Einsatz kommt.
Je nach Umfang kann die Analyse wenige Wochen bis zahlreiche Monate in Anspruch nehmen und Probenmaterial von weniger Mikrogramm bis zu Milligrammmengen benötigen.
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Ihre Vorteile
Die Sequenzierung von Proteine und Antikörpern gibt Ihnen wertvolle Informationen über die Struktur des Proteins oder Antikörpers.
Das Wissen über die Struktur Ihres Proteins oder Antikörpers kann Ihnen ein besseres Verständnis für Interaktionen mit anderen Molekülen geben.
Häufige Anwendungsbereiche
Patente - Die Dokumentation der Aminosäure Sequenz Ihres Proteins oder Antikörpers hilft bei Schutz Ihrer Erfindung.
Proteinstruktur - Strukturelle Unterscheidung von Antikörper gegen ein bekanntes Zielmolekül.
Struktur-Optimierung - Das Wissen über die exakte Aminosäure Sequenz der CDRs und variablen Region Ihre Antikörpers kann bei der gezielten Optimierung Ihres Antikörpers sehr wichtig sein.
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